A la restructuration de la FUPRO en 2007, la bonne gouvernance a été retenue comme l’un des axes stratégiques de la Fédération. Dès lors, des efforts sont faits pour le respect des textes statutaires (règles générales de fonctionnement, statuts et règlement intérieur) à travers le respect du nombre de mandats, la transparence dans la gestion, les audits financiers et comptables, la tenue régulière des réunions des organes statutaires. La Fédération ambitionne continuer dans cette logique en commençant par les élus qui doivent donner l’exemple. Elle va élaborer de façon participative d’autres règles de conduite et les promouvoir à tous les niveaux du réseau par la formation, le suivi-appui conseil, le contrôle et la sanction. Le mécanisme de communication sera aussi renforcé à travers les consultations des membres et les comptes rendus à la base.